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甲基化测序

       甲基化分析平台分析包括全基因组甲基化测序和简化甲基化测序,全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfate Sequencing,WGBS)是指利用重亚硫酸盐对基因组DNA进行处理,使未甲基化修饰的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶碱基,然后利用高通量测序在全基因组范围内检测甲基化位点,绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是主要针对CpG富集的区域的甲基化研究方法,它依据限制性内切酶酶切手段将DNA酶切成小片段,选取特定片段大小的序列进行甲基化测序分析,从而快速、高效地寻找出基因组中发生甲基化修饰的区域。

标准化分析

       甲基化分析平台可以进行标准分析和个性化分析,其中标准分析包括:数据评估、基因组比对、甲基化位点检测和注释、功能元件甲基化水平分析、DMR检测和注释、基因注释等。设定参数后点击提交进行分析,分析完成后在流程定制页面下生成标准化结题报告,实现一键式生成。

个性化分析

个性化分析:甲基化分析平台个性化分析包括目标区域甲基化分析、甲基化差异分析、甲基化水平Circos图、与转录组联合分析等。个性化分析功能可以根据不同的研究需要自定义参数,简单高效的满足您的科研需求。

分析流程:

技术背景:

5mC的检测主要使用Bismark软件工具包实现,主要检测过程如下:

  • 参考基因组预处理:正链:将所有的C->T;负链:所有的G->A;
  • 将reads转换(C->T和G->A)后的正负链分别与相应的参考基因组基因型进行比对;所采用的软件为Bowtie2;对于Bowtie比对得到的结果,筛选得到最佳的唯一比对的结果;用于后续分析。
  • 使用Bismark_methylation_extractor进行5mC检测,如果有C位点比对上原基因组C,则认为该位点为甲基化的C;不同类型的甲基化C用不同的大写字母表示。
  • 最后Bismark_methylation_extractor 会对每一个位点C;统计甲基化C和非甲基化的C的覆盖度。

由于Bismark不对单个位点C是否甲基化进行甲基化判断,利用二项分布检验原理对每一个C位点进行5mC检测。 

最后用Bisulfighter软件用来检测样品之间存在的差异甲基化区域(Different Methylation Region)。

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